Сначала хотел написать скрипт. На ум пришла идея использования md5sum или openssl для получения хешей файлов и их сравнения. Но лень потянула в гугл. Оказывается есть и достаточно неплохое решение – fdupes

Например можно вот так:

root@fox:~# fdupes -r /home/netf0x/Desktop/ -d
[1] /home/netf0x/Desktop/Temp/Penetration Test_files/marktree.js
[2] /home/netf0x/Desktop/Temp/report template_files/marktree.js
Set 1 of 4, preserve files [1 - 2, all]:

А если указать параметр -N (–noprompt) то и спрашивать не будет сохраняя только ту версию что под номером 1.