Как бы не были сильны различные сканеры веб-приложений, например Webinspect и прочие, конкретные сканеры под конкретные движки знают свое дело куда лучше.

Немного полазив по вебу нашел несколько:

Сканер уязвимостей Wordpress – http://blogsecurity.net/wordpress/tools/wp-scanner
Сканер уязвимостей Drupal – http://raz0r.name/releases/drupal-vulnerability-scanner/
Сканер уязвимостей Joomla – http://www.owasp.org/index.php/Category:OWASP_Joomla_Vulnerability_Scanner_Project

Попробовал все три. Результаты понравились. Рекомендую.